Třetí vrstva je tou největší částí zachráněných nástěnných maleb a její vznik se datuje do 16. století. Toto dílo pochází z dílny umělce Nikolaou, kterému jsou přisuzovány i nástěnné malby v kostele na ostrově Kalymnos.
Severozápadním směrem od kláštera, na kopci nad osadou Pyli, se vypíná hrad, který byl postaven v několika fázích. První kroky stavby začaly na konci 11. století a měly za cíl ochranu ostrova před tureckými nájezdníky a před piráty. Také se odtud dalo kontrolovat pobřeží Malé Asie.